25 января 2017 года под председательством Президента России В.В. Путина прошло заседание Попечительского совета МГУ имени М.В. Ломоносова, выступая на котором ректор МГУ академик В.А. Садовничий сказал: «Утвержденная недавно Стратегия научно-технического развития направлена на преодоление больших, то есть глобальных вызовов. И к таким вызовам относится использование информационных технологий и развитие цифровой экономики. Мы создаем в МГУ национальный центр компетенций в области цифровой экономики для научных исследований и подготовки кадров. Имеется хороший задел в совместной работе с Федеральным исследовательским центром «Информатика и управление» РАН – это академик Соколов Игорь Анатольевич – и другими научными организациями реального сектора экономики и органами власти».
13 апреля 2017 г. был подписан приказ ректора № 387 «О национальном центре компетенций в области цифровой экономики», предписывавший организовать соответствующий междисциплинарный научно-образовательный проект, объединяющий заинтересованные в реализации данного направления организации. Научным руководителем проекта был назначен директор ФИЦ «Информатика и управление», заведующий кафедрой информационной безопасности факультета вычислительной математики и кибернетики МГУ академик И.А. Соколов. Было начато формирование межфакультетского координационного совета центра, в первоначальный состав которого вошли руководители или ведущие представители 16 структурных подразделений МГУ и ряда внешних организаций.
19 июня 2017 г. Ученый совет МГУ постановил создать в университете научно-образовательный центр компетенций в области цифровой экономики. Вскоре после этого была согласована кандидатура директора центра – Ершовой Татьяны Викторовны. 26 июня 2017 г. академик Соколов дал большое интервью РИА «Новости» о создании центра и перспективах его развития.
8 августа 2017 г. приказом ректора № 1015 за Национальным центром цифровой экономики были закреплены помещения в Ломоносовском корпусе МГУ, а 4 сентября 2017 г. приказом № 1052 центр был создан в качестве структурного подразделения МГУ. Академик И.А. Соколов возглавил новое подразделение в качестве научного руководителя, Т.В. Ершова – в качестве директора. 2 октября 2017 г. было утверждено положение о центре, началось формирование штатного расписания и организационной структуры центра.
В ноябре 2018 года приказом ректора МГУ от 22 ноября 2018 г. №1509 в структуре НЦЦЭ был создан Центр хранения и анализа больших данных (ЦХАБД), так как МГУ получил грант на государственную поддержку центра Национальной технологической инициативы по соответствующей сквозной технологии. Руководителем проекта создания Центра является ректор МГУ академик В.А. Садовничий, заместителем руководителя проекта – научный руководитель НЦЦЭ академик И.А. Соколов, научным руководителем ЦХАБД – профессор кафедры математических методов прогнозирования Факультета вычислительной математики и кибернетики МГУ академик К.В. Рудаков, директором ЦХАБД – директор НЦЦЭ Т.В. Ершова.
